En los primeros tres días de vigencia del sistema de Censo en línea, ya se han registrado 50.000 hogares a través de la página censoenlinea.censoecuador.gob.ec. Sin embargo, en este mismo lapso se ha levantado una polémica, en redes sociales especialmente, sobre el pedido o requerimiento de otorgar el número de cédula del ciudadano que se registra y de los miembros de su hogar, en la página web.