En marzo del 2016 Carlos Villacís asumió de modo oficial la presidencia de la Federación Ecuatoriana de Fútbol (FEF), en pleno auge del escándalo llamado FIFAgate que elevó a la consideración universal la corrupción rampante en todos los estamentos del fútbol a nivel internacional. En esa alcantarilla que se destapó, gracias a la justicia suiza y a la estadounidense, con la cooperación del FBI, cayeron los jerarcas del balompié mundial, de varias confederaciones y de muchas federaciones nacionales, incluida la de Ecuador.