Fue fundado el 7 de septiembre de 2007 como "Club Deportivo River Plate Ecuador" en Guayaquil, Ecuador. Prontamente consiguió su ascenso a Serie B en la que participó desde 2010 hasta 2014, momento en el que alcanzó su promoción a la categoría máxima del balompié ecuatoriano, jugando en la misma ininterrumpidamente. En julio de 2017 cambió su nombre a "Guayaquil City Fútbol Club" y al momento su mayor logro es haber podido participar en la Copa Sudamericana 2021.