Se lesionó en una práctica previo al viaje de Aucas a Argentina para Copa Sudamericana. Jhonny Quiñónez presentó una dolencia en la cancha y fue sometido a valoraciones médicas, el diagnóstico fue una lesión ligamentaria que lo llevó al quirófano. Su recuperación está fijada entre seis y ocho meses, según el reporte médico del club oro y grana.