El "Club Deportivo Cuenca" se fundó el 4 de marzo de 1971 en Cuenca, Ecuador. Club insigne de su ciudad, que tomó los colores de su bandera, rojo y amarillo con el primero dominante, como los de su uniforme. En sus inicios fue gran animador del torneo ecuatoriano y durante los años 1970 llegó a jugar en dos Copas Libertadores. En el resto del Siglo XX sus participaciones en torneo ecuatorianos fueron poco relevantes, descendiendo de categoría en más de una ocasión. Sin embargo, a inicios del Siglo XXI alcanzaría su mejor momento histórico, volviendo al protagonismo y logrando su único título nacional en el año 2004. Desde entonces ha participado también en algunos torneos internacionales.